由于土壤和地下水并不像地表水或大气直接暴露于地表环境中，他们的污染具有隐蔽性和不确定性的特点。这样就导致污染区域和范围难以界定，造成修复的难度加大，修复成本昂贵。
       同时，国内相关的法律制度的不健全也是土壤和地下水污染难以得到及时治理的另一大原因。土地责任方难以明确，部分负有责任的污染产业的破产让“污染者付费”原则难以实施，导致场地修复时常受到资金来源的困扰。